A Subprocuradoria-Geral é um órgão de administração e execução do MPCRO, exercendo um papel estratégico e de coesão institucional indispensável. Ela funciona como o principal apoio da Procuradoria-Geral, assegurando o bom andamento das pautas institucionais e descentralizando as demandas de alta complexidade. No MPCRO, a vocação da Subprocuradoria-Geral é fornecer suporte direto ao Procurador-Geral, auxiliando-o no enfrentamento de questões técnico-jurídicas de sua competência e garantindo a representatividade do órgão em compromissos oficiais e institucionais.
Para ocupar essa função de grande relevância para a governança interna, o Subprocurador-Geral é eleito pelo Colégio de Procuradores de Contas, exclusivamente dentre os Procuradores com mais de 02 (dois) anos de exercício no cargo. Após o pleito, é nomeado pelo Procurador-Geral para um mandato de dois anos, período que coincide exatamente com o mandato do chefe da Instituição, sendo permitida uma recondução. Importante destacar que o exercício da função na Subprocuradoria-Geral ocorre de maneira cumulativa, ocorrendo sem prejuízo das atribuições regulares inerentes ao cargo de Procurador de Contas.